بني في عام 1965
هذا المتحف يقع على شارع النيل في الخرطوم يطل على التقاء النيل الأبيض والنيل الأزرق في منطقة المجران
. عثر زوار المتحف على قطع اثرية من مختلف حضارات السودان من الأول العصر الحجري إلى عصر آل سلطانة الزرقاء "سلطنة السوداء".
قامت المؤسسة الوطنية للآثار والمتاحف وإعادة البناء من المعابد التي تم نقلها خلال عملية إنقاذ الآثار في منطقة السودانية النوبة من التي تغطيها مياه السد العالي. وقد أعيد بناء هذه المعابد في ساحة المتحف وحفر بحيرة اصطناعية ترمز إلى الموقع الأصلي من المعابد.